Фамилия Клубкова образована от прозвища Клубок. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «шар из смотанных, свитых ниток, шерсти и т.п.». Вероятно, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность рода: он мог заниматься вязанием, либо продажей различных нитей. Возможно также, что прозвищем Клубок нарекли полного и низкорослого человека. Кроме того, в Сибири клубками называли глаза. Соответственно, прозвище Клубок мог получить человек с близкопосаженными глазами. Согласно еще одной гипотезе, основой для прозвища послужило слово «клуб» - «собрание, постоянное общество, которое собирается в особом помещении, для беседы и увеселения». В таком случае предок носителя фамилии Клубкова мог являться членом какого-либо политического или другого рода клуба. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клубок, со временем получил фамилию Клубкова.