Фамилия Клубков происходит от прозвища Клубок. Самая прямая версия — его давали человеку полному и невысокому, напоминающему формой тела клубок ниток. Однако это не единственное объяснение. В сибирских говорах, например, «клубками» называли глаза, поэтому прозвище Клубок мог получить человек с близко посаженными или круглыми глазами. Есть и третья версия, указывающая на род занятий: предок Клубковых мог заниматься вязанием или торговлей пряжей — клубок был его рабочим инструментом или товаром.

С точки зрения словообразования фамилия проста и прозрачна. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Клубков — это сын или потомок Клубка. Такая модель была самой распространённой в русских фамилиях, особенно в среде крестьян и мещан, где прозвища часто становились родовыми именами.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные «родственники» — Клубов, Клубочкин. Они встречаются реже, но образованы от того же прозвища. Встречается и вариант написания с одной «б» — Клубоков, хотя он менее типичен.

Фамилия Клубков не относится к числу редких, но и массово распространённой её не назовёшь. Встречается преимущественно в центральных областях России и на Урале, что подтверждает её прозвищное, а не искусственное происхождение.