Фамилия Клубковы (мужской вариант — Клубков) образована от личного прозвища Клубок. Самая распространённая версия связывает его с внешностью: так могли назвать человека невысокого и полного, по ассоциации с круглым, сбитым клубком ниток. Однако есть и другие, не менее интересные толкования. В сибирских говорах, например, «клубками» называли глаза, и прозвище Клуб или Клубок мог получить человек с близко посаженными глазами. Наконец, не исключено, что прозвище носило профессиональный характер: родоначальник фамилии мог заниматься вязанием или торговлей пряжей — то есть постоянно иметь дело с клубками.

Словообразовательная модель здесь классическая: к основе прозвища Клуб(ок) прибавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Клубка). Эта модель была одной из самых продуктивных в XV–XVII веках, когда формировалась основная масса русских фамилий. Интересно, что в отличие от фамилий на -ин, которые образовывались от основ на -а/-я, форма Клубков однозначно указывает на мужское прозвище с твёрдым окончанием.

В исторических документах фамилия встречается с XVII века. Например, в переписных книгах упоминаются крестьяне Клубковы из разных уездов — от Московского до Сибирских. Это говорит о том, что прозвище было не редким и возникало независимо в разных местностях. О точном месте возникновения фамилии говорить сложно, но наиболее ранние письменные фиксации связаны с центральными и северными регионами России.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Клубковский, Клубочкин) показывает, что именно вариант Клубков стал массовым и закрепился как основной. Сегодня носители фамилии живут по всей России, но заметная их часть сосредоточена в Поволжье и на Урале — регионах, где в прошлом было развито домашнее ткачество и вязание.