Фамилия Клубаева образована от мужского имени или прозвища Клуб, а тот, в свою очередь, скорее всего, связан со словом «клуб» в значении «моток, смотанные нитки» или «комок». В говорах «клубом» называли что-то круглое и сбитое, например, клубок ниток или даже узел. Человек с таким прозвищем мог быть плотным, коренастым, либо, напротив, заниматься прядением или ткачеством — ремеслом, где постоянно имели дело с клубками. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «клубить» — «дымить, клубиться», тогда прозвище могло относиться к кузнецу или человеку, работающему у печи.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Клубаев — буквально «сын Клубая» или «из рода Клуба». Форма на -аев (а не -ов) типична для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа «Клуб» дала форму «Клубый» (притяжательное прилагательное), откуда и пошло «Клубаев». Такая модель распространена в центральных и южнорусских областях, а также в Поволжье.

Встречаются однокоренные фамилии: Клубов, Клубков, Клубанов. Клубаев — более редкий вариант, что может говорить о локальном бытовании прозвища в какой-то одной местности. Скорее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или ремесленником, и прозвище закрепилось за ним по характерной внешности или занятию.

Антропонимические словари (например, работы Б. Унбегауна) относят подобные фамилии к группе «отпрозвищных», где основа — бытовое слово, а не календарное имя. Точных исторических записей о первых носителях фамилии Клубаева в открытых источниках мало, что типично для фамилий, не связанных с дворянскими родами.