Фамилия Клубенков — одна из тех, где корень сперва кажется ясным, а при ближайшем рассмотрении ставит перед выбором. Самая прямая и очевидная версия отсылает к слову «клубень» — утолщённая часть корня растения, вроде картофельного. В этом случае фамилия образована по стандартной модели: основа «клубен-» плюс патронимический суффикс «-ков», то есть «сын Клубенка». А Клубенком, по прозвищной логике, могли назвать человека коренастого, приземистого или круглолицего — внешность напоминала клубень. Такие прозвища по сходству с овощами или частями растений в русской среде не редкость: вспомните Редьку, Репу или Капусту. Учитывая, что картофель вошёл в обиход крестьян лишь в XIX веке, прозвище могло относиться к другим клубневым растениям — например, к репе или брюкве, которые были основой питания задолго до картошки.

Однако есть и другая, менее растительная гипотеза. В старых русских говорах слово «клуб» означало не только шар или ком, но и сборище, толпу, а «клубиться» — собираться вместе. Отсюда «клубень» могло быть прозвищем общительного, компанейского человека, который вечно в центре событий. В этом случае фамилия Клубенков родственна не картошке, а, скажем, фамилии Клубов. Такая версия менее известна, но лингвистически не слабее, особенно если учесть, что суффикс «-енк-» в прозвищах часто придавал уменьшительно-ласкательный или ироничный оттенок.

В исторических документах фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. По данным переписей, Клубенковы концентрировались в центральных и северных губерниях России — например, в Вологодской и Костромской областях, где диалектная лексика была особенно богата. Окончание на «-ов» указывает на формирование фамилии в среде крестьян или посадских людей не позднее XVII–XVIII веков. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, так что перед нами типичная «народная» фамилия, где основой стало живое прозвище.

Из однокоренных родственников можно назвать Клубенёва (с другим суффиксом) и упомянутого Клубова. Но Клубенков стоит особняком: он звучит и как «сын клубня», и как «сын того, кто клубится». Какой из двух смыслов точнее — решать носителю, но в любом случае фамилия эта не заезженная и хранит в себе либо земледельческий, либо бытовой портрет предка.