Фамилия Клуженков — редкий пример, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией или характером, а с внешностью или манерой поведения. Корень здесь — «клужа», диалектное слово, которое в южнорусских и украинских говорах означало «клубок», «ком», «нечто сбитое, спутанное». Прозвище Клужа могли дать человеку круглому, плотному, немного неуклюжему, либо тому, кто ходил всклокоченным, неопрятным, сбитым с толку. Встречается и более редкое значение — «клуша», то есть наседка, но для мужского прозвища это маловероятно.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: основа «Клужен» (с суффиксом -ен, указывающим на принадлежность: «сын Клужи») плюс фамильный суффикс -ков. То есть Клуженков — буквально «сын Клуженя», а тот, в свою очередь, — потомок человека по прозвищу Клужа. Суффикс -ен- в этой позиции встречается реже, чем -ин или -ов, что делает фамилию узнаваемой, но не типовой.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В дореволюционных переписях Клуженковы фиксировались в Курской, Воронежской губерниях, а также в Области Войска Донского. Это согласуется с диалектной зоной слова «клужа» — именно в этих краях оно бытовало. Возможно, предок носителя фамилии был крестьянином или казаком: прозвища по внешним признакам в этих сословиях давали легко и без обид.

Родственные фамилии — Клуженин, Клужнов, Клужников — образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Клуженков среди них выделяется именно конструкцией с -енков, которая в XIX веке была особенно характерна для украинского влияния на южнорусские фамилии. Так что с большой вероятностью предки Клуженковых — выходцы с украинско-русского пограничья, где слово «клужа» звучало естественно и понятно.