Фамилия Клубникин — наглядный пример того, как прозвище или мирское имя, данное по названию растения, закрепилось в качестве родового имени. В основе лежит слово «клубника» — мирское имя Клубника. Такие имена были распространены в русской деревне до XVII–XVIII веков: родители нарекали ребёнка Клубникой, Калиной или Волком, веря, что природа примет его как своего и передаст ему свойства растения или зверя.

Само название ягоды, скорее всего, произошло от слова «клубень» или «клубня» — из-за характерной клубневидной формы плода. Клубника — многолетнее растение рода Земляника семейства Розовые, и её название подчёркивает именно форму, а не вкус или цвет.

Фамилия образована по простой и продуктивной модели: к основе Клубник- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Клубники). Этот суффикс типичен для фамилий, возникших в центральных и северных регионах России, где преобладала именно эта словообразовательная форма, в отличие от южных областей с суффиксом -ов/-ев.

Сейчас фамилия Клубникин встречается нечасто, но её однокоренные «собратья» — Клубничкин, Клубничный — показывают, что прозвища от ягод и плодов в русском быту были не единичным случаем. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) такие фамилии относят к группе «растительных», которые могли давать как взрослому человеку за любовь к определённому лакомству, так и ребёнку — в качестве оберега.