Фамилия Клубнова — женская форма, а её мужской вариант Клубнов. В основе лежит прозвище или мирское имя Клубень. Слово «клубень» в русских говорах имело два основных значения: утолщённая часть корня растения (картофельный клубень) и, в переносном смысле, человек плотного, коренастого телосложения, «клубком» сбитый. Вероятнее всего, фамилия пошла от второго значения — так могли прозвать крепкого, невысокого мужчину.

Образование фамилии через суффикс -ов типично для центральной России: сначала появилось отчество «сын Клубня», которое со временем закрепилось как фамилия. Интересно, что в некоторых диалектах слово «клуб» означало также «клубок ниток» или «свиток», поэтому прозвище могло относиться к человеку, который постоянно что-то сворачивал, мотал — возможно, к ремесленнику, работавшему с верёвками или пряжей.

Фамилия Клубнов встречается нечасто, но имеет свою географию. По данным переписей, она фиксируется в основном в Поволжье — в Нижегородской, Самарской областях и в Чувашии. Там же, кстати, бытует и фамилия Клубков, образованная от того же корня, но с другим суффиксом. Разница в суффиксе (-ов против -к-ов) может указывать на разное время возникновения: форма Клубнов — более архаичная, напрямую от прозвища, а Клубков — от уменьшительной формы Клубок.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Клубнова стоит в ряду с такими же «растительными» прозвищами, как Репкин, Лопухов, Корешков. Но если большинство из них отталкивались от формы плода или листа, то здесь основа — подземная часть растения, что делает фамилию более редкой. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные примеры разбираются в разделе прозвищ по внешним признакам, и Клубнов логично вписывается в группу «коренастых» фамилий вроде Кряжова или Пенькова.

Сословная принадлежность у Клубновых, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не значится. Таким образом, предки носителя фамилии — это обычные люди, получившие прозвище по внешности или занятию, и это прозвище пережило века в неизменной форме.