Фамилия Клубникина — женская форма фамилии Клубникин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Клубника. В русской традиции такие «вкусные» фамилии нередко давали не по роду занятий, а по внешности или характеру: так могли прозвать румяного, краснощекого человека, похожего на спелую ягоду, либо сладкоежку. В некоторых говорах «клубникой» называли не только ягоду, но и капризного, изнеженного человека — намек на то, что клубника требует бережного ухода.

Модель образования типична для северных и центральных губерний России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Клубники). В отличие от южнорусских фамилий на -ов, эта форма чаще встречалась в Новгородской, Вологодской, Архангельской землях, где мирские имена по растениям и ягодам были особенно распространены. В писцовых книгах XVI–XVII веков нередки записи вроде «Ивашко Клубника» — крестьянин или посадский человек, чье прозвище позже закрепилось за потомками.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Малинин или Вишнёв, образованных от названий культур, которые активно выращивали, Клубникин могло указывать на сборщика дикой клубники — промысел, распространенный в лесных районах. Ягоду сушили на зиму, варили взвары, и «клубничниками» называли тех, кто промышлял этим ремеслом. Однако прямая связь с профессией здесь менее вероятна, чем с прозвищем по внешности.

Встречаемость фамилии невысока, она редкая даже по сравнению с однокоренными Клубничкин или Клубничный. Вариант Клубникина, как женская форма, фиксируется в метрических книгах XIX века преимущественно в Ярославской и Костромской губерниях. Ударение в фамилии плавающее: часть носителей ставит его на второй слог (Клубни́кина), часть — на третий (Клубники́на), что отражает региональные говоры и привычку произношения исходного слова.