Фамилия Клубникины образована от мирского имени Клубника. В древнерусской традиции такие имена давали не в крещении, а в быту, и их значение часто было связано с растениями, животными или явлениями природы. Называя ребёнка Клубникой, родители верили, что природа примет его как своего, а сам он унаследует полезные свойства растения — выносливость, способность плодоносить и приживаться на любой почве.

Само слово «клубника» происходит от «клубень, клубня» — из-за округлой формы ягод. Это многолетнее травянистое растение из рода Земляника, но в языке закрепилось именно за крупноплодными садовыми видами. В основе фамилии лежит не прозвище по занятию, а именно личное имя, что указывает на древность традиции: такие имена давали до XVII века, пока церковь не начала активно бороться с «неканоническими» именованиями.

Суффикс -ин в фамилии Клубникин указывает на принадлежность: «чей?» — клубникин, то есть сын или потомок человека по имени Клубника. По такой же модели образованы фамилии Калинин, Малинин, Рябинин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались у бояр и служилых людей, фамилии на -ин нередко бытовали в среде крестьян и посадских, особенно в северных и центральных губерниях России.

География фамилии неширокая: Клубникины встречаются в основном в Поволжье и на Урале. В переписных книгах XVII века имя Клубника не зафиксировано, но в более поздних метрических записях XIX века попадаются крестьяне и мещане с этой фамилией. Это говорит о том, что фамилия не была распространена среди дворянства и духовенства, а оставалась в народной среде, где мирские имена держались дольше.

Встречаются варианты написания: Клубникин и Клубникова (женская форма), а также редкая форма Клубничников — от прозвища «клубничник», то есть любитель или продавец клубники. Но основная фамилия, Клубникины, восходит именно к имени, а не к профессии. Это редкий случай, когда растительное имя сохранилось в фамилии без переосмысления, не став прозвищем по занятию.