Фамилия Клуна — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, но происхождение при этом неочевидно. В русской ономастике фамилии, оканчивающиеся на -а, часто указывают на украинские, белорусские или польские корни, хотя основа могла возникнуть и в других славянских языках.

Самый вероятный источник — прозвище от диалектного слова «клун» или «клуня». В южнорусских говорах и в украинском языке «клуня» — это хозяйственная постройка, сарай для сена и молотьбы. Человек, получивший прозвище Клуна, мог быть владельцем такой постройки, работать в ней или жить рядом. Фамилия могла закрепиться за крестьянином, чья усадьба была примечательна большой клуней, либо за работником, который постоянно находился при этом строении.

Менее распространённая версия связывает фамилию с литовским словом klūna (болото, топь) или с польским klun (название птицы — кроншнеп). В первом случае прозвище могли дать человеку, жившему у болотистой местности; во втором — за сходство с птицей (например, за длинный нос или характерную походку). Однако славянская «клуня» как основа для прозвища встречается в источниках чаще и выглядит убедительнее для бытовой антропонимии.

Фамилия Клуна не имеет типичного русского суффикса -ов или -ин, что говорит о её позднем оформлении или о том, что она сохранилась в форме чистого прозвища. Встречается она преимущественно на западе России, в Брянской и Смоленской областях, а также в Беларуси. В дореволюционных переписях носители этой фамилии числились в основном среди крестьян и однодворцев.

Поскольку фамилия редкая и не попала в массовые справочники, точных сведений о сословном составе или известных исторических личностях с такой фамилией нет. Но прозвищный характер и связь с хозяйственным бытом указывают на то, что предки Клуны были людьми, прочно связанными с землёй и деревенским укладом.