Фамилия Клус — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в её основу, напрямую связано с театром и народным юмором. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «клус» в значении «шут, гаер, паяц, клоун; проказник, забавник». Именно от этого слова и образована фамилия, причём суффикс здесь нулевой — модель типичная для прозвищ, которые позже стали фамилиями без дополнительных окончаний (как Шут, Скоморох или Балагур).

Вероятнее всего, Клусом в старину называли несерьёзного человека, весельчака, который любил дурачиться и смешить окружающих. Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В костромских говорах бытовало наречие «клусно» — «странно, дико, чудно, дивно». Если человек часто повторял это слово в речи, у него могло закрепиться прозвище Клус. Такое объяснение встречается реже, но оно не противоречит логике народной этимологии: необычная манера говорить нередко становилась поводом для прозвища.

Фамилия Клус не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин), что указывает на её относительно позднее закрепление или на происхождение из среды, где фамилии оформляли без родовых окончаний. Встречается она в основном в западных и центральных регионах бывшей Российской империи, а также среди потомков переселенцев. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, поэтому восстановить её социальный контекст можно лишь по косвенным данным: скорее всего, предки Клусов были крестьянами или мещанами, а прозвище давалось по характеру или поведению.