Фамилия Клятышев — редкий случай, когда основа почти наверняка не тюркская и не церковнославянская, а исконно русская, диалектная, со звукоподражательным корнем. Суффикс -ев указывает на принадлежность к типичной модели русских фамилий второй половины XVI–XVII веков: от прозвища или имени отца, оканчивавшегося на мягкий согласный (Клятыш → сын Клятышев). Вопрос упирается в то, что такое «Клятыш».

Самая вероятная версия связывает фамилию с глаголом «кля́кать» или «кля́чить» — в северных и сибирских говорах это значит «кряхтеть», «охать», «издавать сдавленный звук». Отсюда «клятыш» — человек, который кряхтит, тяжело дышит, возможно, больной или старый. Это не оскорбительное прозвище в современном смысле, а бытовая характеристика, за которой стояла конкретная примета: хриплый голос, одышка, привычка покряхтывать при работе. В ономастике подобные прозвища по физиологическим признакам (Хрипун, Шамша, Кряква) обычны и давали их без злого умысла — для узнавания в деревне.

Вторая, менее убедительная гипотеза выводит основу из звукоподражания «клят» — шлёпанью по грязи или болоту, то есть Клятыш мог быть прозвищем того, кто постоянно ходит в грязи, болотного жителя. Слабость версии в том, что для этого значения в русских говорах чаще используют «клямзать» или «клявзить», а корень «клят» устойчиво связан именно со звуками, а не с мокрой поверхностью.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской России: Вятка, Пермская губерния, Костромская область. В документах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Клятыш в писцовых книгах по Устюгу Великому, что подтверждает её севернорусское происхождение. В центральных и южных губерниях фамилия практически не фиксируется.

Социально Клятышевы, скорее всего, вышли из государственных или монастырских крестьян. Никаких дворянских родов с этой фамилией не известно, и в «Бархатную книгу» она не попала. Это фамилия, которая сохранила в себе живой звук народной речи — кряхтение деда, работавшего от зари до зари, и ставшее родовым именем.