Фамилия Клятышева — редкая и неочевидная с первого взгляда. Чтобы понять её происхождение, нужно в первую очередь разобраться с основой «Клятыш». Скорее всего, это прозвище, а не имя в крестильном календаре.

Самая прямая версия ведёт к глаголу «клясть» (проклинать) или существительному «клятва». В старину «клятышом» могли назвать человека, который часто божился, клялся в чём-то, либо, наоборот, того, кто нарушал клятвы — «клятвопреступника». Однако в диалектах слово могло приобрести и более бытовой оттенок. Например, в некоторых говорах «клятый» означало «проклятый», «несчастный», «злополучный» — такое прозвище мог получить человек с тяжёлой судьбой или скверным характером.

Морфология фамилии нестандартна. Суффикс «-ыш» характерен для прозвищ, образованных от глагольных основ (сравните: «крепыш» от «крепкий», «глупыш» от «глупый»). Форма «Клятыш» — это уменьшительно-уничижительное или, наоборот, фамильярное образование от «клятый». Суффикс «-ев» в окончании указывает на принадлежность: Клятышева — дочь или жена Клятыша. Модель типична для русских фамилий, но основа встречается крайне редко.

В ономастических словарях фамилия Клятышев (женская форма Клятышева) практически не фиксируется. Нет её и в масштабных работах Б. Унбегауна или В. Никонова. Это говорит о том, что фамилия локальная, возможно, возникла в одном из северных или центральных регионов России, где бытовали соответствующие говоры. Вероятно, предок носителя фамилии был незнатным человеком, крестьянином или ремесленником, и прозвище закрепилось за ним по характерной черте поведения или по несчастливой репутации.

Есть и менее вероятная, но допустимая версия: связь с тюркским корнем «клят» или «килят» (племя, род). В таком случае фамилия могла указывать на происхождение от какой-то группы людей, но это потребовало бы дополнительных исторических подтверждений. Пока более убедительной остаётся версия с русским диалектным «клятыш» — человек, которого «прокляли» или который сам «клялся без меры».