Фамилия Клюшенцева — женская форма фамилии Клюшенцев, и её происхождение связано с прозвищем или профессией предка. В основе лежит слово «клюка» или «клюкать». Наиболее вероятная версия: прозвище Клюшень (или Клюша) давали человеку, который ходил с клюкой — опорной палкой с загнутым верхним концом. В старину клюка была не только признаком старости или немощи: ею пользовались странники, пастухи, а также люди, чья работа требовала постоянной опоры на неровной дороге. Прозвище могло закрепиться и за тем, кто сам делал клюки — то есть за ремесленником-бондарем или плотником, изготавливавшим такие палки.

Менее распространённая версия связывает фамилию с глаголом «клюкать» — в некоторых говорах это означало «клевать», «долбить», а также «хитрить» или «льстить». В таком случае Клюшенцем могли прозвать человека с хитрым, увёртливым характером или того, кто «клевал носом» — то есть дремал на ходу. Однако первая гипотеза выглядит убедительнее: прозвища по физическим приметам и орудиям труда встречаются в русских фамилиях гораздо чаще, чем прозвища по абстрактным качествам.

Суффикс -енц- в фамилии Клюшенцев — редкий для русской ономастики. Обычно фамилии образуются через -ов/-ев или -ин, но здесь мы видим модель отчества с суффиксом -ец, который в древнерусском языке указывал на принадлежность к группе или местности (ср. «донец» — житель Дона). Клюшенец — это человек, который как-то связан с клюкой: либо её владелец, либо мастер. Фамилии на -енцев (-енцов) чаще встречаются в северных и центральных губерниях России, особенно в Ярославской, Костромской и Вологодской областях. Там же бытовали и прозвища Клюша, Клюшня.

В XIX веке фамилия Клюшенцев могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам — сословной привязки у неё нет. Известно, что в переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Клюшенцовы в Архангельском уезде и посадские люди в Великом Устюге. Это подтверждает северное происхождение фамилии.

Однокоренные фамилии — Клюкин, Ключников, Клюев — имеют разные корни (клюка, ключ, клюв), поэтому не стоит путать их с Клюшенцевым. Фамилия Клюшенцева сохраняет память о бытовой детали прошлого: клюка была спутником многих людей — от нищего странника до пастуха, и прозвище по ней не было унизительным, а скорее описательным.