Фамилия Клюсовская — женская форма от Клюсовский, а та, в свою очередь, типичная «географическая» фамилия, образованная по модели «-ский/-цкий». Такие фамилии в среде польской шляхты, а затем и в русском дворянстве и духовенстве чаще всего указывали на владельческое село или место рождения. Основа здесь — топоним Клюсово или Клюсов, а таких названий в России, Беларуси и на Украине немало. Например, село Клюсово есть в Черниговской области и в Пермском крае, а хутор Клюсов — в бывшей Области Войска Донского. Если предки были выходцами из одного из таких мест, их могли записать как «Клюсовский» — то есть «из Клюсова».

Корень «Клюс-» в топониме мог произойти от прозвища Клюс. В русских говорах «клюс» или «клюса» — это крюк, багор, иногда переносно — человек с крючковатым носом или цепкий, хваткий. В украинском и белорусском языках «клюс» могло означать «ключ» (от польского klucz) или «клубок» (от kląs). Версия с «ключом» как символом должности (ключник) менее вероятна для прозвища, но не исключена.

Суффикс «-овск-» указывает на принадлежность к чему-либо, в данном случае к селу. В отличие от простых патронимических фамилий с суффиксом «-ов» (Клюсов), форма на «-ский» чаще встречалась у людей, имевших отношение к землевладению или к духовному сословию. В XIX веке фамилию Клюсовский могли дать в семинарии по названию села прихода, откуда происходил ученик. Таким образом, предок Клюсовской мог быть либо мелкопоместным шляхтичем, либо священником, либо крестьянином, переселившимся в город, но получившим фамилию по месту выхода.

Сама женская форма Клюсовская закрепилась как обычная русская фамилия для замужних женщин и вдов, нередко передавалась детям. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Беларуси и на востоке Украины. Встречаются варианты написания с одной «с» — Клюсовская, — но это скорее опечатка, чем историческая норма.