Фамилия Клюсенко — яркий пример украинской модели фамильного словообразования, где суффикс -енко указывает на происхождение от отца или предка. Этот суффикс, изначально означавший «сын» или «потомок», стал самым массовым в украинской ономастике, и Клюсенко стоит в одном ряду с тысячами подобных фамилий, таких как Шевченко, Коваленко или Бондаренко. Основа фамилии — личное имя или прозвище Клюс.

Что скрывается за этим прозвищем? Есть несколько версий, и самая прямая — от слова «клюс» или «клюся», которое в южнорусских и украинских говорах могло означать «клюв», «нос с горбинкой» или «крюк». В таком случае Клюсом прозвали человека с характерной внешностью, например, с длинным или загнутым носом. Вторая версия — профессиональная: «клюс» могло быть вариантом слова «ключник» или относиться к человеку, который делал или чинил замки и ключи. Учитывая, что в украинском языке есть слово «клюс» в значении «крюк», не исключено, что предок занимался рыболовством или каким-то ремеслом, где использовались крюки.

Третья, менее очевидная гипотеза, связывает фамилию с польским или белорусским влиянием. В польском языке «klus» означает «клецка» или «галушка». Так могли прозвать любителя этого блюда или полного человека. Однако эта версия менее вероятна, так как для украинской ономастики типичнее связь с внешностью или ремеслом, чем с едой.

Географически фамилия Клюсенко тяготеет к центральным и восточным регионам Украины — это зона максимальной плотности фамилий на -енко. В России она встречается реже, в основном на юге и в областях, граничащих с Украиной. Фамилия недворянская, крестьянского или казачьего происхождения: в среде запорожских казаков и позднее в среде крестьян такие прозвища, а затем и фамилии, были обычным делом. Интересно, что суффикс -енко в этой фамилии стоит после корня на -с, что даёт характерное звучание и не допускает путаницы с русскими фамилиями на -ов или -ин.