Фамилия Клюсова — женская форма от Клюсов. В основе фамилии лежит прозвище Клюс, и здесь есть две основные версии происхождения. Первая связывает его с польским словом kłus — «рысь». Так могли назвать очень быстрого человека, например гонца, которому нужно было доставлять сообщения без задержек. Вторая версия выводит прозвище от немецкого топонима Клюс (Kluis) — коммуны в земле Мекленбург — Передняя Померания. В этом случае основатель рода мог быть выходцем из той местности, и прозвище закрепилось за ним по месту прежнего жительства.

Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — славянская — выглядит более естественной для русской фамилии. Суффикс -ов указывает на типичную модель образования: «чей?» — сын Клюса, то есть Клюсов. Прозвище, данное по быстроте или профессии, легче приживалось в крестьянской и служилой среде, чем указание на далёкий немецкий топоним. Впрочем, полностью исключать немецкий след нельзя: фамилия могла возникнуть у обрусевших немцев или переселенцев из Прибалтики.

В любом случае, фамилия Клюсова хранит память о прозвище предка — либо о его резвости и скорости, либо о географическом происхождении. Встречается она нечасто, что делает её ещё более интересным объектом для семейного исследования.