Фамилия Клюс образована от географического названия Клюс - коммуны в Германии, выходцем из которой, вероятно, и был основатель рода Клюс. По другой версии, фамилия Клюс имеет голландское происхождение и восходит к слову kluis («место уединения» или «клюз», то есть отверстие в палубе и надводной части борта судна для пропуска якорной цепи или троса). Таким образом, прозвище Клюс, ставшее основой фамилии, может указывать на уединённое место жительства предка или на его профессию моряка.