Фамилия Клюжина — женская форма, а её мужской вариант — Клюжин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Клюжа. Слово это неоднозначное, и его значение зависит от региона и говора.

В северных и сибирских говорах «клюжий» означало «статный, видный, красивый, дородный». Человек с таким прозвищем мог быть заметным, крепким, приятной наружности. В этом случае фамилия — из разряда «хороших», образованных от положительных качеств. Однако в других диалектах «клюжий» имело иной оттенок: «годный к чему-либо, способный, ловкий». Прозвище могли дать умельцу, мастеру на все руки.

Есть и менее очевидная версия, связанная с глаголом «клюжить» — «понукать, погонять». Тогда Клюжей могли прозвать погонщика, возчика или просто человека с властным, требовательным характером. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия могла возникнуть в среде ямщиков или крестьян, занимавшихся извозом.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Клюжи». Такие фамилии в XVI–XVII веках были типичны для крестьян и посадских людей центральной и северной России. Географически фамилия Клюжин встречается в Вологодской, Архангельской, Кировской областях — как раз в зоне бытования северорусских говоров, где слово «клюжий» было в ходу.

В дореволюционных переписях фамилия фиксируется редко, что говорит о её локальном характере. В советское время носители Клюжиных могли расселиться шире, но корни фамилии прочно связаны с Русским Севером.