Фамилия Кобалдина — женская форма, а мужская — Кобалдин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Кобалда. Чтобы понять, что оно могло означать, стоит заглянуть в диалекты. В русских говорах слово «кобалда» (или «коболда») имело несколько значений: неуклюжий, неповоротливый человек; большая голова; а также — в некоторых областях — так называли кошель или сумку. Скорее всего, прозвище дали либо по внешности (крупная голова, грузная фигура), либо по характеру (медлительность, неповоротливость). Впрочем, не исключён и вариант, что Кобалдой прозвали мастера, делавшего кобалды — некие ёмкости или мешки.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Кобалдин — это «сын Кобалды» или «человек из рода Кобалды». Такие фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, где активно использовалась эта патронимическая модель. В южных и восточных регионах чаще встречались фамилии на -ов/-ев. Таким образом, географически Кобалдины, скорее всего, происходят из районов, где преобладала «-инская» модель: Архангельская, Вологодская, Костромская, Ярославская, Тверская губернии.

Интересно, что фамилия Кобалдин встречается нечасто, что делает её ценной для локальной истории. В документах XVII–XVIII веков можно найти отдельные упоминания крестьян и посадских людей с таким именем. Например, в переписных книгах по Вятке и Перми Великой встречаются Кобалдины — это подтверждает северное происхождение. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Кобалдин происходит от прозвища, которое, вероятно, закрепилось за одним человеком и затем перешло к потомкам. Со временем первоначальный смысл (неуклюжий, большеголовый) стёрся, и фамилия стала просто родовым именем.