Фамилия Кобекаев — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Ее основа, «Кобек», может восходить к разным корням, и выбор версии зависит от региона, где фамилия закрепилась.

Самый прямой путь — тюркские языки. В казахском и башкирском «кобек» (күбек) означает «пена», «накипь», «пузырь» или «взбитые сливки». Прозвище Кобек могли дать человеку с очень светлой, почти белой кожей, либо тому, кто был вспыльчивым, «кипучим» — как пенящаяся жидкость. В татарском языке «кобек» также имеет значение «взбитое масло» или «сметана», что указывает на возможную связь с молочным хозяйством: предок мог быть пастухом или маслоделом. Тогда Кобекаев — потомок человека по прозвищу Кобек.

Вторая версия — от арабского имени Кубек (Кубай), что значит «большой купол» или «возвышение». Такое имя давали с пожеланием, чтобы мальчик вырос высоким и видным. Суффикс «-аев» — типичный для фамилий, образованных от тюркских имен и прозвищ (ср. Ахметов, Каратаев), он указывает на принадлежность: «сын Кобека».

Спорный, но возможный вариант — связь с монгольским словом «хөвөг» (ковер, войлок). В этом случае прозвище могло относиться к мастеру, изготавливающему войлочные изделия. Однако это менее вероятно, так как в тюркских языках, распространенных на территории России, закрепилась именно форма «кобек».

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди казахов. Сословно ее носители чаще всего были крестьянами или мелкими торговцами, но из-за редкости фамилии точных данных о дворянских корнях нет.

Таким образом, Кобекаев — это отчество, образованное от прозвища или имени Кобек. Скорее всего, предок выделялся внешностью (светлый, «пенящийся») или занятием (работа с молоком).