Фамилия Кобельковы образована от мирского имени Кобелько — так в старину называли человека, не крестив его в церкви. В основе лежит нарицательное «кобель» в значении «самец собаки», но в те времена это слово не несло того предосудительного оттенка, какой появился позже. Напротив, давая ребёнку такое зооморфное имя, родители верили, что природа примет его как своего, а вместе с именем к нему перейдут полезные собачьи качества: верность, чутьё, выносливость.

Историк С. Б. Веселовский в своих трудах приводит несколько ранних упоминаний этого имени. Среди них — Наука Кобель, живший в Двинском уезде в 1524 году; Кобель Агламазов, помещик середины XVI века; Карп Кобель Лаврентьев (1595 год) и Кобель-плотник из Вологды (1567 год). Отдельно стоит Никифор Кобелев, дьяк великого князя Ивана III, который упоминается в документах конца XV века. Его фамилия стоит в том же словообразовательном ряду, что и Кобельков, только с другим суффиксом.

Фамилия Кобельков образована по продуктивной модели на -ов от имени Кобелько. Сначала это было отчество: «чей сын?» — Кобельков, то есть сын Кобельки. Со временем отчество закрепилось как родовое прозвание, и потомки человека с таким именем стали Кобельковыми.

Интересно, что в основе фамилии — не церковное, а именно мирское имя. Это типично для восточнославянской традиции, где до XVII века параллельно существовали крестильные и бытовые имена. Кобелько — одно из тех имён-оберегов, которые должны были отвести от ребёнка злые силы, сделав его «чужим» для нечистой силы, но «своим» для природы.