Фамилия Кобейсинов — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии, и это делает её особенно интересной. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ов, типичный для русских фамилий, образованных от отчества или прозвища. Но корень «Кобейсин» явно нерусский. Скорее всего, перед нами русифицированная форма восточной фамилии, адаптированная под русскую модель (добавлением -ов). Исходная фамилия могла звучать как Кобейсин, Кобейси, Кобейс или близко к этому.

Самая правдоподобная версия ведёт к тюркским или иранским языкам. В основе может лежать имя или прозвище Кобей (или Кобейс), которое восходит к арабскому «кубба» (купол, свод) или тюркскому «кобей» (собиратель, накопитель). В таком случае Кобейсинов — буквально «сын Кобейса», а сам Кобейс — человек, получивший прозвище по занятию (сборщик чего-либо) или по внешней примете (например, сутулый, «куполом»). Суффикс -ин в середине фамилии (Кобейсинов) указывает на то, что исходная фамилия Кобейсин уже была притяжательной (чей? — Кобейсин) и позже получила русский суффикс -ов для окончательной адаптации.

Встречается фамилия в основном на юге России и в Поволжье, где исторически сильны тюркские и кавказские влияния. Возможна связь с азербайджанскими или кумыкскими корнями, где фамилии на -ов массово появлялись в XIX–XX веках. В этом случае Кобейсинов — типичный пример того, как нерусское прозвище «обрусело» грамматически, но сохранило звучание, которое ставит в тупик при поверхностном взгляде. Других версий — от славянского «кобь» (гадание, предзнаменование) — придерживаться не стоит: слово «кобь» давно вышло из употребления, и цепочка «Кобейсинов» от него не строится без натяжек.