Фамилия Кобиковы образована по типичной русской модели от прозвища или мирского имени Кобик с помощью патронимического суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Кобика). Основа прозвища — слово «коба», которое в славянских говорах имело несколько значений.

В северных и сибирских диалектах «коба» — это коряга, пень, свая для причала судна или кочка. Если прозвище дали взрослому, то Кобиком могли назвать коренастого, приземистого человека, похожего на пень, или того, кто работал на воде — сцеплял лодки у причальных свай. Но есть и версия, что Кобик — ласковое именование ребёнка, который «корячится», растопыривает ножки, как маленький пенёк.

Другая гипотеза ведёт к украинскому диалектному слову «коба» — верхняя одежда с капюшоном, которую в ненастье накидывают, а в хорошую погоду отбрасывают за спину. В таком случае Кобиком могли прозвать человека, который постоянно носил плащ-куколь, или того, чья походка или манера одеваться напоминала этот балахон.

Фамилия Кобиковы встречается нечасто, что указывает на её локальное происхождение — скорее всего, из северных областей России или из украинского пограничья. Однокоренные фамилии — Кобов, Кобин, Кобяков — могут иметь ту же основу или восходить к тюркскому имени Кобяк, что добавляет неоднозначности. Точное время возникновения фамилии назвать сложно: прозвища такого типа фиксировались в документах с XV–XVI веков, но окончательный вывод требует изучения конкретной родословной.