Фамилия Кобкин относится к одному из самых распространённых типов русских фамилий — с суффиксом -ин. Эта модель образования подсказывает, что в основе лежит слово, оканчивающееся на -а или -я: Кобка, Кобко или Коба. Суффикс -ин указывал на принадлежность: «чей сын?» — «Кобкин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Кобка.

Именования, образованные по той же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого. В случае с Кобкиным корень уходит в древнерусское слово «кобь», которое означало «судьба, предзнаменование, колдовство». Отсюда «кобник» — человек, занимающийся гаданием, ворожбой, толкователь примет. В старину так могли назвать знахаря или колдуна, а прозвище Кобка или Кобко легко превращалось в фамилию.

Есть и другая, более бытовая версия. В некоторых говорах «кобка» — это крюк или загнутый конец чего-либо, а также прозвище сутулого или сгорбленного человека. В этом случае фамилия Кобкин могла закрепиться за тем, кого в округе прозвали за характерную осанку или манеру держаться.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, а также в Поволжье. Встречаются и однокоренные варианты: Кобков, Кобяков, Кобин — все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами и окончаниями. Выбор конкретной формы зависел от местной традиции и того, как именно звучало исходное прозвище в речи.