Фамилия Кодесников образована по классической русской модели с суффиксом -ов, который вносит значение принадлежности: «чей?» — сын Кодесника. Такие патронимические фамилии на -ов/-ев массово закрепились в России к XVII–XIX векам, вытесняя более древние бессуффиксные прозвища. Именования, построенные по той же схеме, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян, но у русских именно форма на -ов стала основной.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Кодесник. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого. В данном случае перед нами, скорее всего, профессиональное прозвище. Слово «кодесник» — вариант диалектного «кадесник» или «кодес»: так в южнорусских говорах (рязанских, тамбовских, курских) называли мастера, делавшего кадки, бочки и другие деревянные ёмкости. Корень связан с «кадь» — большая бочка, кадка. Если учесть, что бондарное ремесло было повсеместным, а прозвища по профессии давали часто, эта версия выглядит наиболее правдоподобной.

Менее вероятная, но возможная гипотеза — связь с личным именем Кодес (Кодос), которое могло быть народной формой крестильного имени Иуда или Кондратий (через уменьшительные варианты). Однако в этом случае фамилия звучала бы скорее как Кодесов, без суффикса -ник, указывающего на деятеля. Именно суффикс -ник в основе (Кодесник) выдаёт в прозвище человека по занятию: «тот, кто работает с кодесом/кадкой».

Фамилия редкая и имеет чёткую региональную привязку — преимущественно встречается в Курской, Воронежской и Ростовской областях, то есть в зоне распространения южнорусского говора, где слово «кодес» было в ходу. Это косвенно подтверждает профессиональную версию: предок Кодесниковых жил в чернозёмной полосе и занимался бочарным делом — изготовлением кадок для засолки, хранения зерна и мёда.