Фамилия Кодесникова — женская форма фамилии Кодесников. В её основе лежит не имя и не географическое название, а редкое прозвище или профессиональное обозначение, которое почти не встречается в современных словарях.

Корень «кодес-» восходит к диалектному слову «кодес» или «кодесный». В русских говорах, особенно на юге и западе России, так называли человека, который занимался изготовлением или продажей кодексов — в старом значении «книга», «сборник», «переплёт». Прозвище Кодесник могли дать грамотею, писарю, переплётчику книг или даже учителю церковно-приходской школы. Вторая, менее вероятная версия связывает слово с «кодес» — искажённым «кудес» (кудесник, колдун), но тогда фамилия звучала бы как Кудесников. Разница в гласной «о» указывает на книжную, а не магическую основу.

Суффикс «-ник» в русских фамилиях типичен для обозначения человека по роду занятий (сапожник, плотник, охотник). Кодесник — тот, кто имеет дело с кодексами. Далее к основе добавился патронимический суффикс «-ов», что типично для центральных и южнорусских регионов: сначала Кодесников — сын Кодесника, затем фамилия закрепилась в роду.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых. Её география тяготеет к бывшим губерниям, где было развито церковное книжное дело: Курская, Орловская, Рязанская области. Встречается также у старообрядцев, которые ценили грамотность и переписку книг. По сословной принадлежности предки Кодесниковых, скорее всего, были мещанами или государственными крестьянами, реже — священнослужителями низшего ранга (дьячками, псаломщиками).

В написании возможна путаница с фамилией Кодесников/Кодесникова через «а» (Кадесников) — это результат аканья в устной речи, не меняющий смысла. В документах XIX века встречается также вариант Кодесниковъ с твёрдым знаком на конце.