Фамилия Когогина — женская форма, а её мужской вариант, Когогин, образован по классической русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Когогин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Когога. Сама основа фамилии — звукоподражательная или прозвищная, и здесь кроется главная интрига.

Корень «ког-» в русских говорах обычно связан с глаголом «коготать» — издавать гортанные звуки, квохтать или кудахтать. В некоторых диалектах «когота» или «когога» — это курица-наседка, а также человек, который говорит хрипловато, с придыханием или картаво. Прозвище Когога могли дать либо по голосу (например, хрипун или заика), либо по поведению — суетливому, похожему на курицу. Вторая версия связана с тюркскими языками, где «кок» или «ког» значит «синий» или «небесный», но для фамилии на -ин это менее вероятно: такие основы чаще дают фамилии на -ов.

Географически фамилия Когогин редкая и встречается в основном в Поволжье и центральных регионах России. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков она не зафиксирована, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в крестьянской среде XIX века, когда прозвища стали закрепляться как официальные фамилии. Интересно, что фамилия избежала типичного для таких основ суффикса -ов (Когогов), что указывает на местную особенность: в ряде говоров прозвища на -а давали фамилии на -ин, даже если основа не была женским именем.

Сравните с однокоренными фамилиями: Коготков (от «коготок») и Когтев (от «коготь») — они прозрачны по смыслу, но Когогин стоит особняком. Здесь прозвище, скорее всего, не связано с анатомией, а именно со звуком или характером. Предки Когогиных могли быть крестьянами или ремесленниками, получившими уличное прозвище за манеру речи или поведения, которое затем стало фамилией.