Фамилия Когокина — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее морфологического разбора. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Когокина — «дочь (или жена) Когоки». Но вот что скрывается за основой «Когок» — вопрос, который уводит нас не в древнерусские прозвища, а в топонимику.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия реки или местности. На карте России есть река Когок (приток Оби в Томской области) и несколько мелких ручьёв с похожими названиями в Сибири. Житель берега Когока мог получить прозвище Когок, а его потомки — фамилию Когокины. Слово «когок» в русских говорах не зафиксировано, зато в языках народов Сибири (например, в кетском или селькупском) встречаются гидронимы с основой «ког» — «река» или «вода». Так что предки носителей фамилии, вероятно, жили в таёжной зоне, занимались охотой или рыболовством, а их фамилия — немой свидетель освоения сибирских земель.

Менее вероятна, но возможна версия от личного имени или прозвища. В некоторых говорах «кога» или «кокога» — диалектное обозначение кукушки (ср. укр. «зозуля»). Прозвище Когок могли дать человеку с характерным голосом или поведением. Однако такая гипотеза слабее, потому что фамилия Когокина почти не встречается за пределами Сибири и Урала, а в центральных регионах России её нет вовсе.

По написанию фамилия устойчива: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Когóкина, хотя в устной речи возможны варианты. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, Когокина сохраняет редкую основу, не связанную с крестильными именами или ремёслами. Это типичный пример фамилии-топонима, которая говорит о месте, а не о занятии или характере предка.