Фамилия Когто — одна из тех, что ставит в тупик при первом взгляде. Она не вписывается в привычные русские модели на -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает, что её корни, скорее всего, невеликорусские. В русском языке нет ни слова «когто», ни очевидного прозвища, от которого она могла бы произойти. Поэтому первая и самая правдоподобная версия — фамилия западного, скорее всего, немецкого или прибалтийского происхождения.

В немецком языке есть слово «Kogge» — так называлось средневековое торговое судно, ганзейский когг. В нидерландском и нижненемецком диалектах это звучало как «Kogge» или «Koght». Фамилия Когто могла возникнуть как искажённая запись немецкой фамилии Kogge или Koght при переселении носителя в Российскую империю. Русские писцы, не привыкшие к глухому придыханию на конце, могли записать фамилию на слух как «Когто» — с конечным «о», которое в русском языке часто появляется у фамилий, заимствованных через польское или украинское посредство. В пользу этого говорит и то, что фамилия встречается в основном на северо-западе бывшей империи — в Петербургской губернии, Эстляндии, Лифляндии, где исторически селились немецкие ремесленники и моряки.

Вторая, менее вероятная версия — финно-угорское происхождение. В эстонском и финском языках есть корень «kogte» (собирать), но фамилии с таким окончанием редки. Если предположить, что основа «когт» — это искажённое «кохт» (эст. koht — место, суд), то фамилия могла означать «живущий на определённом месте» или «судья». Однако эта гипотеза слабее: в эстонских фамилиях обычно встречаются суффиксы -son, -berg, -mann, а окончание -то для них нехарактерно.

Третья версия — искусственное происхождение. В XIX веке при выдаче паспортов и записи в метрические книги крестьянам могли дать фамилию по названию деревни или хутора. В Прибалтике были мызы с названиями, похожими на Kogto, но документальных подтверждений этому нет.

Что касается социального статуса, то носители фамилии Когто в Российской империи чаще всего были мещанами или крестьянами, реже — купцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советское время фамилия почти не встречается за пределами Ленинградской области и Эстонии. Сегодня она крайне редка, и её обладатели, скорее всего, потомки тех самых ганзейских моряков или прибалтийских ремесленников, чья фамилия прижилась в русском языке в необычной фонетической форме.