Фамилия Кохторов — редкая и на первый взгляд неочевидная. Разбирать её стоит не с корня, а с суффикса. В ней нет типичного для русских фамилий суффикса -ов или -ин: перед нами форма на -ов, но основа звучит как «Кохтор». В русской ономастике это сразу указывает на иноязычное происхождение основы: русские прозвища на -ор, -ар редки, а фамилии с таким финалом почти всегда заимствованы.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. Основа «Кохтор» может восходить к тюркскому слову, означающему «синий», «голубой» (ср. казахское «көк» — синий, «көктор» — синеватый, голубоватый). В татарском и башкирском языках есть слово «күк» — небо, синий цвет, а форма «күктер» может означать «небесные» или относиться к чему-то синему. Прозвище «Кохтор» могли дать человеку с голубыми глазами или со смуглой кожей с синеватым отливом, либо же это был человек, носивший одежду синего цвета — в тюркской среде такие прозвища были распространены.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с персидским «кохтар» (кувшин, сосуд). В таком случае фамилия могла указывать на гончара или торговца посудой. Однако для этой гипотезы нет устойчивых параллелей в русских фамилиях тюркского корня.

Фамилия Кохторов почти не встречается в центральной России. Основной ареал — Поволжье, особенно Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Там фамилия бытует как у татар, так и у русских, что неудивительно: в XVI–XIX веках тюркские прозвища активно входили в русскую фамильную систему через межэтнические браки и крещение.

Интересно, что фамилия Кохторов не имеет однокоренных «родственников» вроде Кохтарев или Кохторовский — это изолированная форма, что говорит о её локальном, возможно, даже единичном происхождении. Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище в небольшой деревне, и фамилия не успела разветвиться.