Фамилия Коклюшин образована от прозвища Коклюш. В отличие от распространённого мнения, связь с болезнью коклюшем здесь вторична или вовсе отсутствует. Основное значение слова «коклюш» в русских говорах — это «завиток», «локон», «хохол» или «петля». Прозвище Коклюш могли дать человеку с кудрявыми, вьющимися волосами, либо тому, кто носил хохолок на голове, что было характерно для запорожских казаков. В этом же ряду стоят фамилии Коклов, Кокорев, Кудрявцев.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Коклюшин — сын Коклюша. Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный или шипящий. Встречается и вариант Коклюшов, но он менее распространён.

Существует и другая, менее вероятная версия: от слова «коклюшка» — палочка для плетения кружев. В этом случае Коклюшем могли называть кружевника или мастера, работающего с коклюшками. Однако прозвища по орудию труда давали реже, чем по внешности, и форма «Коклюш» для такого мастера звучит неестественно: скорее бы появилась фамилия Коклюшкин или Коклюшев.

Фамилия Коклюшин фиксируется в центральных и южных регионах России, особенно в бывших казачьих областях, что косвенно подтверждает связь с «хохлом» — характерной причёской. Встречается она и на Урале, куда её могли принести переселенцы. Известных носителей, оставивших заметный след в истории, под этой фамилией нет, что типично для фамилий, возникших из бытовых прозвищ.

Таким образом, ваш предок, скорее всего, был кудрявым человеком или носил хохолок, и это его прозвище закрепилось за родом.