Фамилия Кокойты — редкий случай, когда географический и этнический комментарий важнее разбора по суффиксам. Это осетинская фамилия, и её окончание -ты указывает на принадлежность к роду или месту. В осетинском языке формант -ты (или -тæ) — аналог русских окончаний -ов/-ев, но с другим смыслом: он образует фамилии от имени предка, прозвища или названия села, причём во множественном числе, то есть «из рода такого-то».

Основа «Кокой» восходит к личному имени Кокой. В осетинской антропонимике это уменьшительная или ласкательная форма от мужского имени Кока, Къоста, а иногда и от тюркского имени Кок (синий, небесный). Прямого значения «кокой» в осетинском нет — это именно имя, а не прозвище по профессии или внешности. Таким образом, Кокойты буквально означает «потомки Кокоя» или «из дома Кокоя».

Фамилия почти целиком сосредоточена в Южной Осетии и среди осетинской диаспоры. Это родовой маркер: носители Кокойты традиционно жили в определённых селениях (например, в окрестностях Цхинвала). В отличие от русских фамилий, где суффикс мог менять сословную принадлежность, осетинские фамилии на -ты едины для всех слоёв — от крестьян до князей, и Кокойты не исключение.

Сравнение с другими осетинскими фамилиями (Джиоев — Джиоты, Тедеев — Тедеоты) показывает, что Кокойты стоит в том же ряду: имя предка плюс родовой показатель. Никакой иной модели — например, от названия животного или ремесла — для этой фамилии не предлагается, и это делает её прозрачной для этимологии.