Фамилия Кокоев чаще всего встречается у осетин, и её разбор сразу уводит в осетинский язык, что и определяет главную версию происхождения. В основе лежит слово «кокка» — «плакса» или «капризный ребёнок». Это прозвище давали человеку с плаксивым характером или, возможно, в шутку — непоседливому младенцу. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий, которая закрепилась за осетинскими родами в XIX веке при документальном оформлении.

Есть и вторая версия, более редкая и спорная. Некоторые исследователи выводят корень от осетинского «къо» — «сын». В этом случае фамилия могла означать «чей-то сын» или «потомок», но такая трактовка менее убедительна: прямое значение «сын» в осетинских фамилиях обычно передаётся через другие суффиксы, а не через -ев.

Интересно, что фамилия имеет ярко выраженную региональную привязку. Основная масса Кокоевых — из Северной и Южной Осетии, особенно из Дигорского ущелья. В русских документах XIX века встречаются написания «Коккаев» — с двойной «к», что ближе к исходному осетинскому произношению, где «кокка» звучит с удвоением. Со временем написание упростилось, и вариант «Кокоев» закрепился как основной.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то у осетин есть и Коковы, и Кокоевы, но они могут быть образованы от разных основ: Коков — от «кок» (нечто круглое, выпуклое) или от тюркского имени Кок, а Кокоев — именно от «кокка» (плакса). Это различие в суффиксах помогает не путать фамилии, которые на слух кажутся похожими.

Таким образом, предки большинства Кокоевых — осетины, жившие в горных обществах, где прозвища по характеру были обычным делом. Фамилия не указывает на дворянское или крестьянское сословие напрямую — в Осетии фамилии получали все свободные общинники, независимо от богатства.