Фамилия Коломагин — одна из тех, где корень не лежит на поверхности, и привычное чутьё подводит. Никакого отношения к слову «колоть» или «маг» она не имеет, хотя внешнее сходство с этими словами есть. На самом деле перед нами вариант фамилии Коломазин, а её основа — диалектное прозвище Коломаза. Так в южнорусских и украинских говорах называли того, кто мажет колёса дёгтем, то есть колёсного мастера или просто смазчика телег. В основе лежит глагол «мазать» и слово «коло» — колесо. Прозвище было профессиональным: коломаза — человек, который обслуживал колёса, не давал им скрипеть и рассыхаться. Со временем звук «з» в суффиксе мог перейти в «г» под влиянием произношения или ошибок писцов: Коломазин превратился в Коломагин. Такая замена — не редкость в русской ономастике, особенно в фамилиях, образованных от прозвищ с суффиксом -ин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Коломагин — буквально «сын Коломаги». Но исходная форма прозвища — Коломага, то есть тот же колёсный мастер, только с другим окончанием. В некоторых говорах слово «коломага» означало не только человека, но и саму повозку, телегу. Так что прозвище могло закрепиться и за возчиком, и за тем, кто делал или ремонтировал телеги. Фамилия редкая, встречается в основном в Тамбовской, Воронежской и Рязанской областях — как раз в зоне распространения южнорусских говоров, где слово «коломаза» было в ходу. В документах XIX века можно найти и форму Коломазин, и Коломагин, что подтверждает вариантность написания.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «коломак» — вид налога или подати. Но она плохо объясняет суффикс -ин и отсутствие таких фамилий в татарской среде. Профессиональное происхождение от ремесленника, работавшего с колёсами, остаётся основным и самым логичным объяснением. Носитель фамилии Коломагин, скорее всего, потомок небогатого мастерового человека, чьё прозвище закрепилось за родом.