Фамилия Колтунова — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неочевидный выбор: что именно стало основой — болезнь, украшение или еда. В любом случае, исходным было прозвище Колтун, а фамилию образовали по простой и распространённой модели: к основе добавили суффикс -ов, а затем — окончание -а, указывающее на принадлежность женщине (Колтунова — «дочь или жена Колтуна»). Если бы речь шла о мужчине, фамилия звучала бы как Колтунов.

Самое прямое и часто цитируемое объяснение прозвища — от слова «колтун» в значении болезни, при которой волосы сваливаются в плотные, неразделимые комки. В условиях крайней бедности и антисанитарии, особенно в сельской местности XIX века, это заболевание было распространено. Прозвище могли дать тому, кто реально страдал колтуном, но работают и магические механизмы народной культуры: родители могли наречь ребёнка Колтуном «от обратного», чтобы уберечь его от этой напасти. Такая практика имянаречения-оберега хорошо известна этнографам.

Однако сводить всё к болезни было бы неполно. В архангельских говорах, например, «колтун» означал серьги или подвески к серьгам. В этом случае прозвище мог получить ювелир, торговец или просто человек, носивший заметные украшения. Есть и третья версия, связанная с кулинарией: в западных губерниях колтунами называли блюдо, напоминающее пельмени или вареники. Соответственно, Колтуном могли прозвать искусного повара или любителя этого кушанья.

Какую из версий считать основной — вопрос открытый. География фамилии подсказывает, что корни её могут быть как в северных, так и в западных регионах России. Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, и не даёт дополнительных подсказок о сословии: Колтуновыми могли быть и крестьяне, и мещане, и купцы. Единственное, что можно сказать уверенно: фамилия не относится к числу «искусственных» семинарских или дворянских — она выросла из живого народного языка и бытовых реалий.