Фамилия Колюжнов — одна из тех русских фамилий, чья основа уходит в народную речь и местные говоры. Её ядро — слово «колюга» или «колюжка». В диалектах так называли колючку, репейник, а иногда и небольшую колючую рыбу (ерша). Человек мог получить прозвище Колюга за неуживчивый, колкий характер или за внешнюю схожесть — например, за неопрятную всклокоченную шевелюру, торчащую, как репей. Вторая версия связывает прозвище с глаголом «колоть»: Колюжей на Руси могли назвать того, кто работает с колющими инструментами — бондаря, корзинщика или плотника, постоянно имеющего дело с щепой и занозами.

Суффикс -ов указывает на стандартную патронимическую модель: Колюжнов — сын Колюжна. То есть сначала закрепилось прозвище Колюжна (от Колюга с суффиксом -н-, придающим оттенок принадлежности или свойства), а затем от него образовалась фамилия. Менее вероятно, но возможно происхождение от географического названия — в русской топонимике встречаются деревни с корнем «колюж-» (например, Колюжное), и фамилия могла возникнуть у выходца из такого места.

Фамилия редкая и не имеет широкого распространения, что типично для прозвищ, завязанных на диалектную лексику. Ономастические словари, например работы Б. Унбегауна, не выделяют её в отдельную статью, но модель образования полностью вписывается в русскую традицию: основа от живого народного прозвища плюс фамильный суффикс. Социально предки Колюжновых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — прозвища подобного типа редко встречались у дворянства и духовенства. Написание фамилии устойчиво, без вариантов, что говорит о позднем оформлении, уже после закрепления орфографических норм.