Фамилия Команенкова — женская форма от Команенков. В основе фамилии лежит мужское имя или прозвище Команя. Словообразовательная модель простая: суффикс -енк- (уменьшительно-ласкательный или указывающий на происхождение от лица по имени) плюс типичный фамильный суффикс -ов. В русской ономастике фамилии на -енков характерны для южных и западных регионов, особенно для Курской, Орловской, Воронежской областей, а также для Украины, где суффикс -енко широко распространён. В русской среде этот суффикс часто адаптировали в -енков, что и дало Команенкова.

Само прозвище Команя могло возникнуть от слова «коман» — в старых говорах так называли шумную компанию, ватагу, кучу. Человек, получивший такое прозвище, мог быть заводилой, шумным или хлопотливым. Вторая версия связывает Команю с тюркскими корнями: в тюркских языках «коман» означает «кочевник» или «воин» (ср. с историческим этнонимом «куманы» — половцы). В таком случае прозвище могло указывать на внешность или характер, напоминающий кочевника. Третья, менее вероятная гипотеза — от имени Коман, которое могло быть сокращением от христианского имени Косма (Кузьма) через форму Коман.

В документах фамилия Команенков встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или однодворцами из южнорусских губерний. Однодворцы — сословие, занимавшее промежуточное положение между крестьянами и мелкими помещиками, часто носило фамилии с суффиксом -енков, что косвенно подтверждает эту версию. Написание Команенкова — стандартная женская форма, которая не меняется по падежам в отличие от мужской Команенков.