Фамилия Комареус — редкий случай, когда происхождение лежит на поверхности, но требует перевода с латыни. Её основа — латинское слово culex (родительный падеж culicis), что означает «комар». Суффикс -eus в латинском языке образует прилагательные со значением «свойственный», «принадлежащий». Таким образом, Комареус — это латинизированная форма прозвища или фамилии Комар, Комаров, переведённая на учёную латынь. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывают на родство («чей?»), латинский суффикс здесь подчёркивает качество: «комариный», «относящийся к комару».

Такая модель образования фамилий была характерна для духовного сословия. В XVIII–XIX веках семинаристы и выпускники духовных академий нередко «переводили» свои русские фамилии на латынь или греческий, чтобы придать им более благозвучный и учёный вид. Фамилия Комареус, скорее всего, появилась именно в этой среде. Исходная русская фамилия могла быть Комар (прозвище за назойливость, худобу или высокий голос) или Комаров, а при поступлении в семинарию её латинизировали.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения, как, например, Куницын или Сперанский (от лат. spero — «надеюсь»). Она осталась локальной, встречаясь в основном в центральных губерниях России, где были сильны традиции духовного образования. Встречаются варианты написания: Комареус и Комореус, что может быть следствием разного произношения латинского корня.

Других версий происхождения, например, от географического названия или профессии, не существует. Фамилия — чисто книжная, искусственная, но от этого не менее интересная: она — живое свидетельство того, как русская фамильная традиция пересекалась с европейской учёностью.