Фамилия Комарковская звучит как типичная «географическая» фамилия — на -ский/-ская, и это её ключевая особенность. Такие фамилии чаще всего указывали на место, откуда человек родом: владение, село или усадьбу с названием Комарково, Комарки или Комарковичи. Носитель фамилии Комарковская, скорее всего, потомок того, кто владел такой землёй или жил в таком поселении. Подобных топонимов на Руси немало — от Комарово под Москвой до Комарова на Украине, и все они восходят к тому же прозвищу или мирскому имени, что и сама фамилия.

В основе названия и фамилии — мирское имя Комарик. В древнерусской традиции давать детям имена по названиям животных и насекомых было делом обычным. Считалось, что имя-оберег, вроде Комара или Комарика, свяжет ребёнка с природой, сделает его «своим» для неё, а заодно передаст качества, замеченные в этом насекомом. Какие именно качества — вопрос открытый.

С одной стороны, комар ассоциировался с назойливостью и тонким писком. Поэтому Комариком могли прозвать человека невысокого роста, с высоким голосом или дотошного. С другой — комар в народной культуре существо приметное. С ним связано множество примет: «Много комаров — готовь коробов (по ягоду)», «Комара нет — овса и трав не будет», «Когда появятся комары, пора сеять рожь». Такое внимание к насекомому говорит, что прозвище могло быть и уважительным, связанным с наблюдательностью или трудолюбием: «комар носа не подточит» — так говорят о безупречно сделанной работе.

Таким образом, фамилия Комарковская могла возникнуть двумя путями, которые не исключают друг друга. Первый — напрямую от прозвища Комарик через суффикс принадлежности -ов- и далее «географический» суффикс -ский: Комарик → Комариков → Комариковский → Комарковский (упрощение в произношении). Второй — от названия села Комарково, житель которого стал Комарковским. Какой бы из вариантов ни был верным, корень у фамилии один — древнее славянское мирское имя, за которым стоит целый пласт народных верований и бытовых наблюдений.