Фамилия Комарьков образована от прозвища Комарь (или Комар), которое в древнерусской традиции давали не за назойливость, а по внешнему сходству или за малый рост. В народе комаром называли невысокого, худощавого человека, а иногда — того, кто постоянно жаловался или «пищал», как комар. Прозвище было широко распространено в крестьянской среде, где оно не считалось обидным, а служило бытовой характеристикой.

Суффикс -ов в фамилии Комарьков указывает на модель образования от имени или прозвища отца: «чей сын?» — Комарьков, то есть потомок Комаря. Интересно, что в основе лежит форма Комарь, а не Комар — это более редкий вариант с мягким знаком, который мог возникнуть из диалектного произношения или как уменьшительная форма. В русских говорах слово «комарь» встречается в южных и западных регионах, что может указывать на географическое происхождение фамилии: её носители могли жить в черноземных или степных областях, где комаров было много, или на границе с украинскими землями, где «комарь» — обычное произношение.

По данным ономастов, фамилия Комарьков — относительно редкая, но имеет однокоренных «родственников»: Комаров (самая частотная), Комарицын, Комаревский. Разница в суффиксе и окончании позволяет предположить, что Комарьковы могли происходить из конкретной местности, где закрепилась именно такая форма прозвища. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания крестьян и однодворцев с фамилией Комаров, а Комарьков, скорее всего, ответвился от этого более массового рода из-за диалектных особенностей или ошибок писцов при записи.

Сегодня фамилия Комарьков встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, что типично для фамилий, возникших из прозвищ, не связанных с профессией или социальным статусом. Никаких дворянских корней у неё нет: предки Комарьковых были, скорее всего, крестьянами или мещанами, а само прозвище со временем утратило бытовой смысл и закрепилось как наследственное имя.