Фамилия Комарькова образована от имени или прозвища Комарик. В её основе лежит слово «комар» — насекомое, которое в народной традиции наделяли двойственным смыслом. С одной стороны, комар считался символом тщательности и добросовестности. Давая ребёнку мирское имя Комарик, родители верили, что природа примет его как своего и передаст ему эти полезные качества. С другой стороны, комар издавна ассоциировался с назойливостью, поэтому прозвище Комарик могли дать упрямому или надоедливому человеку.

Суффикс -ов- в фамилии Комарькова указывает на типичную восточнославянскую модель образования: сначала от прозвища Комарик возникла форма Комарьков (буквально «сын Комарика»), а затем, при передаче по женской линии или через замужество, появился вариант Комарькова. Мягкий знак в корне (Комарьк-, а не Комарк-) — не случайность: он сохраняет мягкость звука [р’] перед суффиксом, что характерно для говоров, где имя Комарик произносили именно с мягким «р».

Есть и третья, менее распространённая версия: прозвище Комарик мог получить человек с тонким, звучным голосом — комариным писком. У славян с комарами связывали множество примет, например: «Много комаров — готовь коробов (по ягоду)» или «Комара нет — овса и трав не будет». Эти приметы подчёркивают, насколько внимательно относились к поведению насекомого в крестьянском быту.

Фамилия Комарькова встречается реже, чем однокоренные Комарова или Комаров, из-за редкой суффиксальной формы. Географически она тяготеет к северным и центральным регионам России, где мягкое произношение прозвища было нормой.