Основой фамилии Комаркова послужило мирское имя Комарок. Возможно, фамилия Комаркова образована от прозвища Комарок, представляющего собой уменьшительную форму слова «комар». Такое прозвище мог получить невысокий или надоедливый человек. Также не исключено, что в основу фамилии легло мирское имя Комар. Так, в народной традиции комар ассоциируется с ловкостью и быстротой. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Комарок, со временем получил фамилию Комаркова.