Фамилия Комелины — пример того, как русская фамилия может быть образована от прозвища, данного по внешности или поведению, но с неочевидным на первый взгляд корнем. В основе лежит слово «комель» — так в старину называли нижнюю, утолщённую часть дерева, прилегающую к корню, а также толстый конец бревна или палки. Человек, которого прозвали Комель, мог быть коренастым, приземистым, с плотной фигурой — словом, похожим на комель. Возможен и переносный смысл: так могли назвать упрямого или неповоротливого человека.

Фамилия образована по типичной модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Комелин, то есть сын или потомок Комеля. Это одна из самых распространённых в русской ономастике моделей, характерная для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Коме́лины.

В некоторых говорах «комель» означал ещё и «обрубок», «чурбан», что могло дать прозвище плотнику или лесорубу. Однако основная версия — антропонимическая, то есть от личного прозвища. Стоит отметить, что фамилия встречается реже, чем однокоренные Комелев или Комельков, что может говорить о её локальном бытовании — например, в северных и центральных губерниях, где слово «комель» было в активном обиходе.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования рассматриваются как типичные для прозвищ, связанных с характеристиками внешности. Спорных версий у фамилии Комелины практически нет: корень прозрачен, а суффикс стандартен. Единственное, что может ввести в заблуждение — случайное сближение с греческим именем Комелий, но для русской крестьянской среды это маловероятно, фамилия явно народная, не искусственная.