Фамилия Комелягин — яркий пример того, как прозвище, связанное с ремеслом или образом действия, намертво приросло к роду. В основе лежит слово «комеляга» — так в русских говорах называли неуклюжего, неловкого человека, а также того, кто делает всё медленно и тяжеловесно. Корень здесь — «комель», то есть нижняя, утолщённая часть дерева, которая тяжелее и грубее остального ствола. Отсюда же пошли глаголы «комелить» (делать неуклюже) и «комеляться» (мешкать, возиться). Таким образом, Комелягин — это потомок человека, которого за неторопливость или неловкость прозвали Комелягой.

Суффикс «-ин» указывает на древнейший тип русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. По модели «Комеляга — сын Комелягин» фамилия закрепилась в северных и центральных губерниях России, где диалектное слово «комеляга» было в ходу. Встречаются также варианты Комелягов, но форма на «-ин» — более типичная для тех регионов, где прозвища на -а склонялись по образцу существительных женского рода. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или посадская: прозвища такого типа давали в рабочей среде, где расторопность ценилась, а медлительность высмеивалась.

Интересно, что фамилия Комелягин не связана с комельками (печками-времянками) или комельками как видом рукояти — это случайное созвучие. Слово «комель» имеет ещё одно значение: «комлястый» — коренастый, плотный. Поэтому прозвище могло закрепиться и за человеком приземистым, широкоплечим, с грубоватой фигурой. В любом случае, основа фамилии — не имя и не профессия, а внешняя или поведенческая характеристика, что делает её типичной для «мирских» прозвищ Древней Руси. В современных справочниках фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении и небольшом расселении носителей за пределы исходной местности.