Фамилия Комендантенко образована от прозвища Комендант. В основе лежит заимствованное слово, которое в русском языке закрепилось в значении «начальник крепости» или «военный комендант». Однако прозвище давали не только за реальную должность. В быту комендантом могли назвать властного, требовательного человека или, наоборот, того, кто любил командовать без достаточных на то оснований. В некоторых регионах так называли деревенского старосту или распорядителя общих работ — то есть человека, облечённого местной властью. Таким образом, прозвище могло указывать и на социальное положение, и на характер, и на род занятий предка.

Суффикс -енко — типичный для украинской и южнорусской ономастики. Он указывает на происхождение: «сын Коменданта» или «потомок Коменданта». Такая модель фамилий была особенно распространена в Левобережной Украине и на землях Войска Запорожского, где суффикс -енко служил маркером родства и часто вытеснял другие формы. Поэтому фамилия Комендантенко, скорее всего, сложилась именно в этой среде: её носитель — потомок человека по прозвищу Комендант, который мог быть казачьим старшиной, сотником или просто уважаемым человеком в общине.

Фамилия редкая, в современных справочниках распространённых русских фамилий не встречается. Это говорит о её локальном бытовании: она могла сохраниться в одном-двух сёлах или хуторах, где прозвище закрепилось за родом. В отличие от фамилий Комендантов или Комендантский, которые встречаются чаще, Комендантенко сохраняет более архаичную, патронимическую форму — прямую отсылку к прозвищу отца, а не к сословной или территориальной принадлежности.

Известных носителей фамилии в публичном поле нет, что типично для фамилий, не попавших в дворянские родословные книги или списки знати. Скорее всего, предки Комендантенко были вольными казаками, мещанами или государственными крестьянами — людьми, чьё прозвище не перешло в официальный титул, но закрепилось в бытовом именовании рода.