Фамилия Комендантовы образована от личного прозвища Комендант. В основе лежит слово, заимствованное русским языком из французского: commandant означает «командир», «начальник», а восходит оно к латинскому commendo — «вверяю», «поручаю». Прозвище могло указывать на реальное социальное положение: военного начальника крепости, гарнизона или армейского подразделения. Однако не обязательно — Комендантом могли прозвать и главу деревни или просто властного, гордого человека, склонного командовать.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе на твёрдый согласный добавлен суффикс -ов, образующий типичную русскую «притяжательную» фамилию («чей?» — «Комендантов сын»). Форма множественного числа Комендантовы — не самостоятельная фамилия, а семейное обозначение: «из рода Комендантовых». В документах XIX — начала XX века такая форма часто фиксировалась как родовое прозвище целой семьи или династии.

О точном времени и месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а прозвище Комендант могло появиться в разных регионах независимо. Примечательно, что слово «комендант» вошло в обиход не раньше Петровской эпохи — тогда же, когда в России появились регулярные гарнизоны и крепостные начальники. Значит, и фамилия вряд ли старше конца XVII — начала XVIII века. Это отличает её от более древних прозвищных фамилий на -ов, образованных от мирских имён или профессий допетровской Руси.

Спорных версий происхождения у Комендантовых нет: прозвище очевидно, а альтернативные гипотезы (например, от фамилии помещика или названия населённого пункта) не находят подтверждения в ономастических источниках. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова эта фамилия не выделяется как редкая или исключительная — она входит в группу «должностных» прозвищ, таких как Полковников, Капитанов, Генералов.