Фамилия Комылина — женская форма от Комылин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Комыла, которое, скорее всего, связано со словом «комель» — утолщённая нижняя часть дерева, пня или корневища. В говорах «комыла» могли называть человека коренастого, плотного, приземистого, с широкими плечами и крепкой фигурой — «комлястого», то есть сбитого, как комель. Такое прозвище давали по внешнему признаку, без насмешки, а скорее с констатацией силы и устойчивости.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Комылин — сын Комылы. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где отчество на -ин активно вытесняло более южное -ов. Если бы фамилия возникла на Дону или в южных губерниях, она скорее звучала бы как Комылов. Географически Комылины чаще встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, то есть на территории древнего новгородского освоения, где комель как часть дерева был бытовым понятием для крестьянина-лесоруба.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает прозвище с глаголом «комылить» — делать небрежно, кое-как, сбивать в комок. В этом случае предок мог получить прозвище за манеру работы или, наоборот, за неаккуратность. Однако в ономастических работах по русским фамилиям (например, у Б. Унбегауна) корень «комел-» рассматривается как основной для этого ряда. Фамилия нередкая, но не массовая: по переписям XIX века Комылины числились в основном среди государственных крестьян, реже — среди мещан. Дворянских ветвей не отмечено, что типично для прозвищной фамилии с конкретным бытовым значением.