Фамилия Комылин образована от прозвища Комыла. В русских говорах слово «комыла» имело несколько значений, но все они связаны с небрежностью или неопрятностью. В вятских и пермских говорах комылой называли неряху, замарашку, человека, который ходит в грязной, сбившейся одежде. В других регионах так могли сказать о неуклюжем, неповоротливом человеке. Прозвище давали по внешнему виду или по манере поведения: например, крестьянину, который вечно в грязи, или нерадивому работнику.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Комылин — сын Комылы, потомок человека с таким прозвищем. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а, -я. По этой же схеме сложились фамилии Мызин, Грязнов, Замараев.

Интересно, что фамилия Комылин не встречается в центральных и южных областях России. Её ареал — север и северо-восток: Вологодская, Кировская, Пермская области, Удмуртия. Это говорит о том, что прозвище было локальным и не вышло за пределы севернорусского наречия. В словарях русских фамилий (например, у В. А. Никонова) Комылин обычно относят к группе «бытовых» прозвищ, отражающих повседневную жизнь крестьянства.

Встречается также версия, что Комыла — вариант имени или прозвища от тюркского «комыл» (песок, песчаный), но для северных регионов, где фамилия исторически закрепилась, эта гипотеза слабая: нет ни миграционных потоков, ни культурных контактов, которые бы её подтвердили. Правдоподобнее оставаться в рамках русской диалектной лексики.

Фамилия недворянская, нестарая: в документах XVI–XVII веков она не фиксируется. Массово фамилии у крестьян Русского Севера закреплялись в XVIII–XIX веках, когда помещики и переписчики записывали крестьян по прозвищам. Так что предки современных Комылиных — скорее всего, государственные или монастырские крестьяне из Вятской или Вологодской губернии, которые получили фамилию по характерной черте своего предка.